Figlio del monte Paflagone contrafforte del monte Cervialto, nel cuore del Parco Regionale dei Monti Picentini in Irpinia, il Sele all'inizio del suo corso alimenta l'Acquedotto Pugliese a Caposele.
Una parte minima dell'acqua proveniente dalla sorgente irpina prosegue il suo corso naturale verso sud per 64 chilometri, motivo per il quale è il terzo tra i fiumi della Campania per lunghezza. A rinforzare la portata del Sele fino alla foce contribuiscono i suoi numerosi affluenti di destra e di sinistra. A Campagna, nella Valle a cui dà il nome, riceve le acque del Tenza, mentre a Contursi Terme quelle del suo principale affluente, il Tanagro, proveniente dal Vallo di Diano. Attraversa anche l’oasi di Persano, nella quale forma un lago artificiale a seguito della costruzione di una diga nel 1932, e poi raggiunge Eboli, nella vasta e fertile Piana del Sele, dove accoglie l’acqua di altri affluenti.
Presso Paestum, ricevuta anche l’acqua del Calore Lucano, incrocia l’area archeologica con i resti dell’Heraion, il santuario di Era Argiva costruito nel VI secolo a.C. proprio in prossimità dell'antico sbocco al mare, che si distanzia di almeno un chilometro dall'attuale foce a estuario, con cui il fiume si immette nel Mar Tirreno nel Golfo di Salerno.
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